Aslında profesyonel yazılım dünyasında bunun bir sürü yolu mevcut , ama en çok kullanılan 2 tip var ,

1- Procedure -- Evet dediğin gibi bütün scriptler procedure olarak veri tabanında tutulur bu sayede yönetim oradan sağlanır ve veri yükünü ve trafigini o çeker

2- ORM -- Object Relational Mapping -- Yanlış hatırlamıyorsam 7-8 yıl önce bulunan bir metod, sen hiçbirşekilde sql kodu yazıyorsun, aracı kütüphaneler senin için veri tabanının object haritasını cıkarıyor ve classlar oluşturuyorlar, seni yerine otomatik olarak procedureleri ve scriptleri kendisi arkada kendi oluşturuyor böylece veri tabanından bağımsız bir uygulama oluyor , yazdıgın kod oracleda da mysql de calsııyor ama performans acısından ciddli sıkıntılar mevcut. En cok kullanılanlar NHibernet ve ailesi , Entity Framework , LLBLGEN